Stella of the End погружает игроков в мрачный постапокалиптический мир, где человечество борется за выживание под тенью гигантских машин Сингулярности, опустошивших планету. В центре истории — необычный дуэт протагонистов: Джуд Грей, закалённый жизнью курьер, и Филия, загадочная девушка-андроид, невосприимчивая к губительному влиянию машин. Волею судьбы они отправляются в путешествие по безлюдным пустошам, где им предстоит столкнуться не только с враждебными механизмами, но и с остатками человечества, ожесточившимися в борьбе за существование.