Вторая часть Boltgun продолжает историю прямо с того места, где закончилась первая. При этом разработчики решили не мудрить с формулой и оставили всё то же самое — пиксельный ретро-шутер в духе старого Doom, только во вселенной Warhammer 40,000. Главное нововведение в Boltgun 2 — разветвлённая кампания, где можно выбирать свой путь прохождения. Каждая ветка ведёт на уникальные уровни, так что появился хоть какой-то повод пройти игру повторно.