Assassin's Creed Rogue - это своеобразный мост между Black Flag и Unity, девятая часть серии, созданная изначально для предыдущего поколения консолей. События игры разворачиваются США середины 18-го века. Главный герой - Шай Патрик Кормак - тамплиер, охотник на ассасинов, который некогда сам был одним из ассасинов. Сюжет во многом пересекается с Assassin's Creed IV и Unity, плюс игроки могут увидеть множество знакомых персонажей.
Главным же героем в настоящем времени становится безымянный аналитик компании "Абстерго", с помощью которого корпорация пытается отыскать некие свиток и шкатулку, обнаруженные в середине 18-го века на Гаити. Для этого аналитику предстоит в роли Кормака поближе познакомиться с ассасинами и выяснить, что они тоже не брезговали массовыми убийствами, ложью и прочими сомнительными вещами. В лице Шая Патрика аналитику предстоит столкнуться со всей мощью ассасинов, дабы раздобыть артефакты и не допустить их попадания в руки ассасинов.