Главным героем в Lost in the Roots выступает некий Якоб, судя по всему, наломавший дров в прошлом и теперь страдающий от угрызений совести. То есть, перед нами типичная история искупления, только вместо привычных демонов из подсознания здесь используется одушевлённый лес, который почему-то стал разумным и теперь вовсю копается в людских мыслях, выискивая самые болезненные воспоминания.