Игра Animal Use Protocol отправляет нас в мрачные коридоры научной станции «Анкоридж», где главным героем выступает весьма необычный персонаж — генетически модифицированный шимпанзе по имени Пенн. Наш пушистый друг, получивший сверхразвитый интеллект в результате экспериментов, решает спасти других подопытных животных из этой жуткой лаборатории. К счастью, в этом непростом деле ему помогает верный напарник — крысёнок Трип, а также прибор для управления гравитацией.