Действие игры происходит за семь лет до событий, описанных в великолепной Final Fantasy VII для PS one. Игрокам предоставляется возможность снова вернуться в полюбившийся мир и взглянуть на него под другим углом - с точки зрения Зака, оперативника второго класса отряда SOLIDER корпорации Shinra. Корпорация набирает силу и влияние, с базой в городе Мидгар, которая является символом ее могущества и процветания, она как никогда близка к установлению полного господства над миром.Но во время одной из операций большая группа солдат из отряда SOLDIER таинственно пропадает, что вынуждает корпорацию отправить в тот же район еще большее количество бойцов, среди которых главный герой Crisis Core Зак, его наставник Энджил и воин первого класса, известный под именем Сефирот...