В Generation Exile игрок берёт на себя роль управляющего уникальным космическим кораблём, путешествующим между звёздами. Этот корабль предназначен для многопоколенческого путешествия, а значит, ресурсы на борту ограничены тем, что было загружено изначально. Главная задача — обеспечить выживание и благополучие обитателей корабля, грамотно распоряжаясь имеющимися запасами. Игровой процесс строится вокруг пошаговой системы градостроительства.