Yakuza Empire - это боевик, события которого разворачиваются в Токио образца 1992 года. Игрокам выпадает роль главы одного из кланов якузда, чей предшественник оказался убит, и теперь задача героя - отыскать убийцу и отомстить ему. Для этого необходимо заниматься развитием базы и клана, вербовать рекрутов, готовить их к различным испытаниям, а также всячески расширять свое влияние. Также игроки могут лично участвовать в боевых операциях, или сражаясь в пошаговых битвах, или устраивая незаметные проникновения с помощью стелс-сегментов.