Финальная часть трилогии Metroid Prime. Вы снова должны взять на себя роль Самус Аран, легендарной охотницы за головами, которая работает на Галактическую Федерацию. На этот раз вам необходимо найти и уничтожить Тёмную Самус, которая использует опасную неорганическую субстанцию под названием фазон, чтобы захватить контроль над всей жизнью в галактике. Но это не так просто, ведь главная героиня сама стала жертвой фазона и теперь должна бороться не только с внешними врагами, но и со своим внутренним разложением. Вам предстоит побывать на разных планетах, атакованных космическими пиратами и Тёмной Самус, и раскрыть тайны фазона и его происхождения.