Prototype - это экшен от третьего лица, действие которого происходит в зараженном опасным вирусом Нью-Йорке. Главный герой, Алекс Мерсер, обладает сверхспособностями, но абсолютно не помнит, когда и при каких обстоятельствах они у него появились. Воспоминания других людей позволяют Алексу по кусочкам восстанавливать собственную память, чтобы понять, что за вирус распространился по городу, и каким образом он сам связан с ними.
Алекс наделен совершенно непонятной для него самого силой - он может видоизменять свое тело, становясь оружием в собственных руках, а еще он может может "выпивать" воспоминания других людей. В творящемся вокруг него хаосе Мерсер пытается найти правду о том, кто его наделил такой силой, и кто повинен в заражении всего города. В отличии от других мутантов, которые распространились по городу, Мерсер - прототип некоего проекта - и поэтому он может прыгать по зданиям, делать из своих рук оружия, а из тела - броню, и поэтому его крайне сложно победить. Помимо этого Алекс так же умеет превращаться в своих жертв, что позволяет ему проводить не только разрушительные диверсии, но и разведывательные операции, а так же одурачивать своих преследователей.
