В четвёртой части Ninja Gaiden нас забросят в недалёкое будущее. На Токио льёт бесконечный ядовитый дождь — это всё из-за какого-то древнего зла, которое умудрилось проснуться. Играть будем за молодого ниндзя по имени Якумо, который как-то связан с Рю Хаябусой из прошлых частей.