Спустя год после драматических событий первой части игры «Метро-2» жизнь главных героев претерпела значительные изменения. Глеб Суворов и Лена Лапина, пройдя через множество испытаний, связали свои судьбы узами брака. Наташа Михалева, оправившись от полученного ранения, вернулась на службу. Однако в стране произошло событие, которое потрясло всех — смерть великого вождя, Иосифа Сталина. Его уход из жизни спровоцировал ожесточённую борьбу за власть среди высокопоставленных членов партии, каждый из которых жаждал занять освободившийся трон.