Metroid Prime Hunters представляет собой приключенческий шутер, в котором игроку предстоит управлять Самус Аран — легендарной охотницей за головами, которая отправляется в Алимбический кластер в поисках таинственного источника непревзойдённой мощи. Во время своего путешествия Самус будет не только исследовать разнообразные локации, но и сражаться с опасными противниками, среди которых шесть других охотников за головами, каждый со своими уникальными способностями и мотивами.