После того, как капитан Олимар успешно выбрался с неизведанной планеты, населённой странными существами, которых он назвал пикминами, он надеялся на спокойную жизнь в своём родном мире Хокотейт. Однако его ждал неприятный сюрприз: его работодатель, компания Hocotate Freight, оказалась на грани банкротства и была вынуждена продать единственное ценное имущество — космический корабль Олимара, S.S. Dolphin.