Инди снова оказывается в Ватикане, и там он знакомится с молодым священником по имени Риччи. Тот просит найти какой-то артефакт, и сначала всё выглядит как обычное дело для археолога. Но потом оказывается, что история связана с теми самыми нефилимами — великанами из основной игры.