Сюжет шутера разворачивается через 20 лет после завершения первого эпизода. Джейси Дентон привел мир к хаосу, в результате чего несколько организаций захватили власть, и вступил в симбиоз с искусственным интеллектом. C получением имплантов герой обретает дополнительные возможности: усиление мышц, режим невидимки и встроенный нейронный дисплей. Вы можете выбирать, какой из имплантов в данный момент важнее для успешного прохождения игры. Биомоды могут использовать энергию персонажа и помогать совершать взломы компьютеров. В отличие от первой части, персонаж больше не зарабатывает опыт. Зато ему убрали ограничение на точность попадания и использование инвентаря.