Xenonauts 2 - это продолжение "духовного наследника" оригинальной X-COM, в которой игроков ждет знакомая история про защиту родной планеты от вторжения инопланетных войск. Игра разделена на несколько уровней - командование и обустройство базы, тактические пошаговые сражения с войсками неприятеля, а также менеджмент войск и прочие мелочи.
Игра предлагает еще более глубокую, по сравнению с оригиналом, боевую систему, в рамках которой игроки могут разрушить чуть ли не все поле боя, улучшенные макро- и микроменеджмент базы и бойцов, а также различные улучшения и во всех остальных аспектах игрового процесса.