Сюжет игры будет виться вокруг Федерации и Клингонской Империи, объединяющих усилия для защиты и, по всей видимости, будущей войны с недавно открытым Видом 8472. С ним связана неизведанная зона жидкостного пространства, в которой довелось побывать экипажу U.S.S “Вояджер”, что докладывал об огромном количестве находящейся там материи, но ее там куда больше.