Army of Two: The 40th Day использует кооперативный подход для создания экшен-геймплея. Взаимодействие напарников выглядит более естественным по сравнению с первой частью игры, а динамика не замедляется ни на минуту даже в роликах. Это современный боевик, который представляет инновационную систему совместной игры с использованием обширного арсенала модифицируемого оружия.
В отличии от первой части, действие которой длилось несколько лет и происходило в разных уголках мира, события сиквела развиваются в Шанхае в течение нескольких дней. Риос и Салем снова в строю: они выполняют задания для TransWorld Operations - своей частной военной корпорации. Они берутся за работу, которая кажется слишком простой: убить несколько охранников, выполнить парочку поручений и получить чек на кругленькую сумму. Но после того как их миссия вроде бы завершена, в Шанхай погружается в настоящий ад. Здания взлетают на воздух, самолеты падают с неба, вокруг царит полный хаос. Салему и Риосу нужно выжить, чтобы выяснить, кто стоит за всем этим и раскрыть секрет 40-го дня.
Основы игровой механики игры по сравнению с оригиналом изменились не сильно. Эти компоненты были тщательнее проработаны и дополнены, так что игра стала только свежее и глубже. Знакомая по первой части система Аггро стала лучше: персонажи могут слаженно действовать вместе - когда один боец отвлекает врага огнем, его напарник подойти к неприятелю с другой стороны. Улучшенный искусственный интеллект помогает проводить скоординированные атаки, которые вплетены в игру более органично по сравнению с оригиналом.
Также появилась новая система GPS, с помощью которой можно пометить врага и найти путь. Еще один новый элемент, система морали, позволяет игрокам делать выбор по ходу игры, например, заботиться только о себе и убивать всех на пути, или мешать солдатам и спасать местных. Независимо от решения игрока после его выбора демонстрируется ролик, в котором показываются последствия совершенного поступка, как сиюминутные, так и более отдаленные. Эта система оказывает влияние в том числе и на экипировку, которую получают персонажи по мере прохождения миссий. Немаловажно и то, что в игре появилось гораздо больше возможностей по кастомизации персонажей.
Как и в случае с первой частью лучшим вариантом остается игра с людьми в онлайне или на сплит-скрине. Мультиплеер подвергся переработке и включает в себя три режима с поддержкой до 12 человек.