Command & Conquer: Red Alert 3 - это продолжение "клюквенной" стратегии в реальном времени, в которой сталкиваются в противостоянии СССР, США и Японская империя. События игры разворачиваются сразу же после окончания второй части - после поражения Советского Союза от рук союзников русские решают уничтожить Альберта Эйнштейна в прошлом, так как именно он сделал решающий вклад в техническую мощь альянса. Полковник Черденко, ближайший соратник премьера Романова, попадает в прошлое, приведя в действие машину времени, секретный проект Союза. Авантюра удается, и СССР захватывает половину Европы в измененном настоящем, однако удар наносится оттуда, где его никто не ждал - с востока СССР атакует Империя Восходящего солнца. Игрокам предстоит принять участие в трех кампаниях за каждую из сторон конфликта, дабы определить исход Тертьей Мировой войны.