.hack//LINK продолжает историю серии, рассказанную в манге Мегане Кикуя. Сюжет разворачивается в 2020 году, спустя 3 года после окончания событий .hack//G.U. Действия происходят не только в мире под названием The World R:X, но и в реальности. Главный герой - обычный японский школьник и заядлый геймер Токио Курйу. Его жизнь переворачивается в тот момент, когда в школе появляется мистическая девочка Саика Амаги. Когда они вместе поднимаются на крышу, она отправляет его в мир The World R:X. Здесь он знакомится с местными героями и узнает историю этого мира.