Mega Man целых шесть частей сидела на старом NES, а потом вдруг седьмая выскочила на Super Nintendo. Действие разворачивается через полгода после предыдущей части. Доктор Вайли наконец-то за решёткой, но, как водится, этот тип заранее всё продумал. Где-то в тайной лаборатории четыре робота терпеливо ждут сигнала от хозяина. Не поступает полгода — значит, пора устроить хаос и вытащить создателя из тюрьмы.