3 Days: Zoo Mystery представляет собой игру в жанре "я ищу". Игрок занимается поиском пяти пропавших животных из зоопарка дяди. В скором времени приедут инспектора, которые проверяют соответствие условий в зоопарке установленным нормам. Поэтому следует поторопиться вернуть бедных животных на свои места.