SCP: Pandemic - это игра, основанная на истории вымышленного "Фонда SCP" (Secure, Contain, Protect), цель которого - обеспечение процветания человечества, при этом сохраняя полную секретность. Эта организация защищает человечество от паранормальных явлений, однако в Pandemic история идет другим путем. В этой игре высшее руководство Фонда оказывается поставлено перед непростым выбором - уничтожить человечество или дать загадочной чужеродной сущности закончить порабощение людей и раскрыть свой "истинный потенциал". Выбрав глобальную зачистку, лидеры Фонда настроили против себя нескольких членов Фонда, которые дезертируют и пытаются помешать своим бывшим коллегам разрушить мир.
В составе боевой группы, которая идет против планов SCP, игроки должны проникнуть в Зону-12, место, где проводятся исследования по программе Psi-Z, с помощью которой руководство Фонда и хочет уничтожить человечество. Цели у героев простые - сорвать проект, выкрасть ведущего ученого Эрвина Коха и узнать, что стоит за глобальной психопандемией, обрушившейся на мир.