В третьей части, завершающей космическую оперу Xenosaga, под названием "Так говорил Заратустра" мы вновь возвращаемся к вопросам религии и философии. События разворачиваются спустя год после завершения второй части. Героиня Сион покинула Vector Industries, когда обнаружила темные дела компании и планы ее президента захватить вселенную. Она присоединилась к противоборствующей компании Scientia. Сион отправляется в Пятый Иерусалим, где воссоединяется с командой Xenosaga. Их ожидает столкновение с могущественной силой и новейшими научными разработками жестоких глобализаторов. В это время один талантливый ученый создает андроида T-elos, которая очень похожа на KOS-MOS.